Η πόλη της Θεσσαλονίκης και ταυτόχρονα το λιμάνι της, ιδρύθηκε το 315/6 πΧ, από τον βασιλιά της Μακεδονίας Κάσσανδρο, επιφανή στρατηγό του Φιλίππου του Β΄ και του Μεγάλου Αλεξάνδρου και φέρει το όνομα της συζύγου του Θεσσαλονίκης, ομοπάτριου αδελφής του Μεγάλου Αλεξάνδρου.
Η σύγχρονη ιστορία του λιμένος ξεκινά την τελευταία δεκαετία του 19ου αιώνα με την επέκταση της προκυμαίας της Θεσσαλονίκης προς τη θάλασσα και τη δημιουργία τμήματος της ανατολικής πλευράς, της σημερινής 1ης προβλήτας.
Έως το 1912 ολοκληρώνεται και η κατασκευή του κτιρίου των Τελωνείων, έργο σχεδιασμένο από τον λεβαντίνο αρχιτέκτονα Alexandre Vallaury και κατασκευασμένο από τον αρχιτέκτονα Ελί Μοδιάνο. Στις 26 Οκτωβρίου 1912 η Θεσσαλονίκη και το λιμάνι της απελευθερώνονται από τον Ελληνικό Στρατό.
Ημερομηνία σταθμός για το Λιμάνι είναι το 2011, όπου πραγματικά για πρώτη φορά μετά από ολόκληρες δεκαετίες άνοιξαν οι πόρτες του στους κατοίκους της Θεσσαλονίκης, με την ήπια ανάπλαση της Α’ προβλήτας. Με την απομάκρυνση των αυτοκινήτων και του λιμενικού σώματος, αλλά και τις αρχιτεκτονικές παρεμβάσεις ο χώρος έγινε πιο φιλικός για τους επισκέπτες, αλλά και για τους φίλους του κινηματογράφου, καθώς ανελλιπώς κάθε Νοέμβριο τα τελευταία χρόνια η καρδιά του Φεστιβάλ Κινηματογράφου της Θεσσαλονίκης χτυπάει και στο λιμάνι. Ο τρόπος που όλοι εμείς οι Θεσσαλονικείς χρησιμοποιούμε πλέον το λιμάνι μας, είναι και η αιτία που μας έδωσαν το δεύτερο βραβείο από την Ένωση Λιμένων Ευρώπης το 2011. Το πρώτο βραβείο πήρε η Στοκχόλμη.
